Метроном

[Aragorn]

ну если подумать, то проигрывание звука в гитарпро (в том числе и метронома) не требует идеального качества, оно скороее делалось разработчиками для простого мониторинга нот. а соответствено вполне возможно, что при проигрывании гитарпро не особо старается что то синхронизировать, возможно он тратит какие то милисекунды на задержки, связанные с подгрузкой данных в память или что то ещё.
а вообще действительно, зачем запиывать всё одним куском?

[Maestro]

MIDI-метроном и метроном сэмпловой drum-машины различаются, причём ощутимо на глаз даже.

Не знаю ни одной причины, по которым они могли бы отличаться.
Проверь карты темпов. ИМХО различия могут быть только там.